GitLab 7系に上げてから出ていた表記の問題、下記の stackoverflow にあるようにブランチ比較に使われている git ラッパーの Rugged のバグに起因するものでした。マージリクエストを作成するとブランチ間の差分コミットが全履歴分？出てしまって画面で diff を表示できない、そもそもブラクラになってしまうというものでした。
これも stackoverflow に書かれているように Gemfile.lock の Rugged のバージョンを 0.21.2 に手で修正して bundle install をやり直すことで回避できていましたが、ようやく最新の 7.5.3 で正式に解消されたようです。
GitLab 7.5.3 updates Rugged to 0.21.2 to solve issues with 'finding too many commits'. This issue could cause the PostReceive job triggered by a git push to take a very long time and consume a lot of memory.
